À mots découverts

Published on 10 décembre 2018 |

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Le numérique passé en revue(s)…

Par Sylvie Zasser et Marianne Peiffer, animatrices du pôle publication et communication scientifique de la Délégation à l’Information Scientifique et Technique (DIST), Inra.

Ouverture et partage des connaissances, accès libre aux données et aux publications, transparence de l’évaluation… Autant d’impératifs impulsés par la Commission européenne avec le programme Horizon 2020, inscrits dans la loi pour une République numérique et figurant dans la Charte pour le libre accès aux publications scientifiques et aux données 1 publiée par l’Inra en 2016. Reste que ces principes butent notamment sur le système des revues scientifiques dont les abonnements (lourdement) payants excluent de fait nombre de lecteurs, tels qu’étudiants et citoyens. C’est là qu’interviennent les possibilités ouvertes par les technologies de l’information et de la communication, bousculant le paysage de l’édition, imposant aussi d’autres règles, critères et processus. Pour mieux explorer tous les aspects de cette nouvelle donne, l’Inra organisait en janvier 2017 le séminaire « Publier autrement ». Passage en revue des enjeux, questionnements et impensés soulevés au cours de ces deux journées.

Le système de publication scientifique a largement évolué depuis le début des années 2000, tant dans la forme des supports et de leurs contenus que du point de vue des modes de diffusion et d’accès aux résultats de la recherche.

Si le développement de l’édition numérique a permis de diffuser les connaissances vers un plus large public, il a aussi engendré bon nombre de dérives qui amènent aujourd’hui les chercheurs et leurs institutions à vouloir repenser le système de publication scientifique, dans le sens d’une réappropriation des tâches « expertes » du processus de publication. Le débat sur l’open access focalisé sur les changements de modèles économiques (auteur-payeur vs lecteur-payeur) occulte souvent des évolutions plus profondes associées à des besoins de communication rapide vers tous les publics, de transparence, de réutilisation des résultats ou de reproductibilité et, globalement, de qualité de la recherche.

C’est pourquoi, à l’Inra, le séminaire « Publier autrement2 » a été organisé avec pour objectif de réunir différents acteurs de la publication scientifique afin de réfléchir à ces questions, d’échanger et de partager une culture commune sur les évolutions en cours et à venir.  A l’origine de ce projet ? Olivier Le Gall, alors directeur général adjoint de l’Inra, et Odile Hologne, directrice déléguée à l’Information Scientifique et Technique (IST). Cette manifestation a permis aux chercheurs de s’informer et de s’exprimer sur le sujet mais aussi de lancer la réflexion au sein de l’institut, qui joue un rôle important en tant que porteur de revues scientifiques diffusées par des éditeurs commerciaux (pour certains au cœur des débats d’aujourd’hui), avec un objectif majeur : la nécessaire évolution de l’accès à la publication scientifique d’ici 2020 en accord avec l’open science (science ouverte3). Un enjeu de taille pour l’Inra, lequel consacre chaque année une part importante de son budget à l’acquisition de ressources électroniques, notamment à travers les coûts d’abonnements aux revues.

Le séminaire s’est déroulé sur deux journées, les 10 et 11 janvier 2017. Le premier jour visait à proposer à un public large (Inra et hors Inra, chercheurs, professionnels de l’édition et IST) un état des lieux des évolutions et des tendances de la publication scientifique. Les présentations des intervenants extérieurs ont mis en évidence l’évolution du processus de publication, du rôle des différents acteurs (de l’auteur à l’éditeur commercial) et également souligné la remise en cause de la forme de l’article et de la revue scientifiques tels que nous les connaissons. En effet, si la revue aujourd’hui sert à l’enregistrement, à la validation, à la diffusion et à l’archivage de la production scientifique, différents modèles émergent et montrent que ces processus peuvent être dissociés : développement des dépôts de pré-prints à l’image d’ArXiv dès les années 1990 chez les physiciens ; développement du text mining( (fouille de texte) impliquant que les articles soient structurés différemment et librement accessibles.

Une évaluation ouverte

La question du modèle économique a également été abordée. Aujourd’hui, l’éditeur commercial doit offrir à la science de nouveaux services, autres que sa fonction de diffuseur d’articles et de journaux, la fonction de mise en ligne d’articles n’étant plus à même d’assurer une réelle valeur ajoutée économique à moyen terme. Certains éditeurs, comme Springer nature ou Elsevier, proposent un ensemble de services pour « rentrer dans les laboratoires » : e-labnotebook, gestion des données, services d’analyse stratégique de l’information pour le management scientifique des organismes, en plus des services de bases de données d’information déjà en place.

Autre enjeu majeur : l’éthique, en référence aux dérives actuelles des publications scientifiques. De nombreux cas de fraude, de plagiat ou de falsification de données portés à la connaissance de la communauté scientifique et relayés par les réseaux sociaux, ont remis en question des résultats de recherches. Toutefois, la course à l’accroissement du nombre de publications, au meilleur facteur d’impact ou à la recherche de financements sont des pratiques de recherches tout aussi discutables car elles affectent l’excellence scientifique en conduisant vers une mauvaise science (sloppy science) de nature plus insidieuse que les problèmes de fraude. De fait, il est urgent de mettre en place des bonnes pratiques et d’appuyer les pratiques scientifiques ainsi que celles liées à la publication sur une déontologie rigoureuse et largement partagée.

L’évaluation ouverte des manuscrits contribue à la transparence du processus de publication et à l’établissement d’un dialogue constructif entre évaluateurs et auteurs. Il favorise également une reconnaissance du travail des évaluateurs.

La seconde journée a rassemblé les équipes éditoriales des revues Inra ou soutenues par l’Inra afin de partager une culture interne commune et de lancer une réflexion accompagnant la direction de l’institut vers une stratégie de publication en accord avec les objectifs d’open science à l’horizon 2020. Des modèles de publication innovants à l’initiative de chercheurs Inra ont été présentés :

Journal of plant hydraulics : revue en libre accès « gold » (gratuite pour l’auteur et le lecteur) diffusée sur la plateforme créée par l’université de Bordeaux (http://jplanthydro.org/indexub).

Peer Community in : une plateforme de recommandation d’articles, notamment de pré-prints. Pour ces derniers, les recommandations s’appuient sur un peer reviewing de qualité et transparent. Les recommandations et les évaluations peuvent être consultées gratuitement. Ce système n’est associé à aucun frais pour les auteurs et les lecteurs g  ttio(https://peercommunityin.org/). Lire l’article PCI : extension du domaine de l’édition

Ce séminaire est donc le point de départ d’un chantier important pour l’avenir de la publication scientifique à l’institut dans les cinq prochaines années, avec une adaptation des revues de l’Inra aux principes d’une science ouverte.


PCI :  Extension du domaine de l’édition

Onéreux, opaque, lent… Très critiques envers le modèle actuel de publication scientifique, Thomas Guillemaud (Inra Isa), Denis Bourguet (Inra CBGP) et Benoît Facon (Inra PVBMT) proposent un nouveau système, le Peer Community in (PCI), grâce auquel ils comptent bien bousculer le monde de l’édition scientifique… Questions réponses – par écrit – avec ces trois chercheurs.

Durant des décennies, on a affirmé que la « bonne » science devait passer par un système de relecture par des pairs, via des revues scientifiques dont certaines affichent une notoriété indiscutable. Un modèle que vous jugez durement.  Quelles sont vos principales critiques ?

Principalement le coût et le manque de transparence et, dans une moindre mesure, le délai entre l’obtention des résultats scientifiques et leur publication. Par ailleurs, nous estimons que le modèle économique sur lequel repose le système de publication actuel engendre une certaine perversion de ce système. Le coût tout d’abord. La plupart des revues scientifiques appartiennent à de grandes compagnies internationales d’édition qui profitent avantageusement des besoins des chercheurs de publier et de lire des articles scientifiques. En effet, les organismes de recherche et les universités leur versent, chaque année, de très importantes sommes d’argent en s’abonnant à leurs revues et en payant les frais que ces revues exigent pour la publication et/ou la mise en accès libre des articles. Alors que le développement des outils informatiques et la dématérialisation des articles auraient pu engendrer une diminution des coûts, ces frais n’ont cessé d’augmenter ces dernières années.

En France, on estime l’ensemble de ces coûts à plus de 150 millions d’euros chaque année, ce qui représente 30% du budget de l’Agence Nationale de la Recherche (ANR). Un coût qui nous paraît injustifiable, sachant que l’essentiel du travail menant à la publication est réalisé par les chercheurs eux-mêmes : écriture des articles, évaluation (peer-review), décisions éditoriales, relectures et corrections. La situation est encore plus compliquée pour les chercheurs des pays en voie de développement. La plupart des instituts de recherche ne pouvant pas supporter de tels frais, cela limite à la fois leur capacité à publier et leur accès à la littérature scientifique.

Le manque de transparence ensuite. Le processus de relecture par les pairs, qui garantit la qualité des articles, n’est généralement pas public. Le lecteur d’un article scientifique n’a pas accès aux relectures critiques réalisées par les pairs. Sa confiance dans la validité de l’article repose donc sur des éléments subjectifs et déconnectés de la qualité de l’article en question comme la notoriété de la revue, qui est estimée par son facteur d’impact (IF). Il serait préférable de publier les décisions éditoriales, les critiques des relecteurs et les réponses des auteurs. Cela donnerait aux lecteurs la matière pour évaluer le sérieux du travail effectué sur chaque article.

Les délais maintenant. Entre l’obtention des résultats par une équipe de recherche et leur publication, il peut s’écouler un délai de six mois à un an, dû à la nécessité de réaliser des relectures critiques, lesquelles  appellent des réponses des auteurs, etc. De plus, un article peut être refusé par une première revue, soumis de nouveau puis refusé par une seconde, etc. Il en résulte un grand manque d’efficacité du système : pendant qu’une équipe tente de publier ses résultats acquis des mois auparavant, d’autres équipes travaillant sur le même sujet pourraient utilement en bénéficier.

Enfin, la perversion du système. Les éditeurs s’orientent progressivement vers un système auteur-payeur en obligeant les auteurs à payer la mise en accès libre de leur article. Le chiffre d’affaire des éditeurs est ainsi de plus en plus étroitement associé au nombre d’articles publiés. En conséquence, il devient tentant, pour eux, d’augmenter la proportion d’articles acceptés dans leurs journaux, au détriment de leur qualité.

Pour contrer tous ces biais, vous avez créé Peer Community in. De quoi s’agit-il ?

Le système Peer Community in (PCI) repose sur la publication d’évaluations critiques et de recommandations d’articles non encore publiés, mais déposés – et gratuitement accessibles- sous forme électronique dans des archives ouvertes disponibles sur internet. Ces évaluations et recommandations sont réalisées bénévolement par les chercheurs sans aucun lien avec des éditeurs privés.

Les frais de publication disparaissent : PCI offre la possibilité de valider, diffuser et consulter gratuitement les articles qui lui sont soumis. Les délais d’accès à l’information sont nuls : les articles scientifiques évalués sont déposés dans les archives ouvertes dès la fin de leur écriture. Le système devient transparent : les critiques, les décisions éditoriales, les réponses des auteurs et les recommandations sont publiées sur le site de la communauté scientifique concernée 4 (telles que Peer Community in Evolutionary Biology).

Quelles sont les limites de ce nouveau système de publication ?

La principale limite est son originalité et sa jeunesse : PCI reste méconnu et les chercheurs, les agences de financement et les instituts de recherche ont tendance à accorder encore une très grande importance aux journaux scientifiques classiques et aux IF associés. Par ailleurs, sachant que les chercheurs sont actuellement recrutés, évalués et obtiennent des financements sur la base de leur curriculum vitae, on comprend leur frilosité à utiliser ce nouveau système. Les chercheurs et les comités d’évaluation des projets et des carrières des scientifiques pourraient décider de considérer les articles recommandés par PCI comme des articles « classiques ». C’est ce qui est en train de se produire, par exemple au Comité National de la Recherche Scientifique (CoNRS) dans le domaine de l’évolution et de l’écologie.

Dans le livre « Malscience : de la fraude dans les labos5», Nicolas Chevassus-au-Louis affirme que la fraude scientifique est quasi impossible à éradiquer dans un contexte de compétition internationale où la course aux publications s’apparente à la loi de la jungle. Pensez-vous que votre système puisse moraliser les pratiques ?

La transparence des évaluations des articles conduira sûrement à de meilleures pratiques, car le travail d’évaluation critique des articles est mieux fait lorsqu’il est exposé publiquement. Les problèmes de conflit d’intérêt dans les évaluations critiques seront certainement moins fréquents avec ce système. En effet, les situations de conflit d’intérêt sont interdites dans les PCI, les recommandations sont signées et nous encourageons les relecteurs à signer leurs évaluations critiques. Ce mode de fonctionnement devrait freiner les velléités de « copinage » ou de représailles chez les évaluateurs.

Par ailleurs, les PCI n’ont pas vocation à entreprendre l’évaluation de tous les articles qui leur sont soumis. En effet, les évaluations reposent sur un travail volontaire des membres des communautés, qui choisissent les articles qui leur semblent pertinents. Cela aura pour conséquence de limiter les articles “alimentaires” sans intérêt, destinés à “gonfler” les listes de publications.

Quel avenir pour les PCI ? Que manque-t-il pour que le système se généralise ?

Après le lancement de PCI Evolutionary Biology en janvier 2017, PCI Ecology, PCI Paleotology et PCI Computational Statistics devraient démarrer fin 2017 ou début 2018. Nous souhaitons augmenter rapidement le nombre de nouveaux PCI afin de couvrir un large éventail de thématiques scientifiques.

Pour permettre cette impulsion et assurer la gestion de ces PCI, nous espérons obtenir le soutien en moyens financiers et humains  des institutions de recherche (universités, grands instituts de recherche et agences de financement), ceci au plan national6 et international. Nos besoins de soutien sont particulièrement peu onéreux et sans comparaison avec les sommes actuellement dépensées par nos institutions pour la publication et l’accès aux publications.

Pour en savoir plus : 

https://peercommunityin.org/

https://evolbiol.peercommunityin.org/

  1. http://presse.inra.fr/Communiques-de-presse/Inra-charte-libre-acces
  2. « Publier autrement » renvoie à une évolution du processus de publication, du rôle des acteurs et de l’objet publié qu’il s’agisse de l’article ou du journal. Voir la présentation détaillée des interventions sur le site https://seminaire.inra.fr/publier/,
  3. https://fr.wikipedia.org/wiki/Science_ouverte
  4. PCI est composé de plusieurs communautés scientifiques thématiques (par exemple en biologie évolutive, statistiques, écologie…), elles-mêmes composées d’un grand nombre de chercheurs.
  5. Seuil, septembre 2016.
  6. Nous avons déjà le soutien de l’Inra, de certains Labex et d’une section du Comité National de la Recherche Scientifique (CoNRS).

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